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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Milho e Sorgo. Para informações adicionais entre em contato com cnpms.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
06/07/2016 |
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Data da última atualização: |
19/07/2016 |
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Autoria: |
OLIVEIRA, A. A. de. |
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Afiliação: |
AMANDA AVELAR DE OLIVEIRA. |
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Título: |
Métodos de seleção genômica aplicados a sorgo biomassa para produção de etanol de segunda geração. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
2015. |
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Páginas: |
129 p. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação (Mestrado) - Escola Superior de Agricultura ?Luiz de Queiroz?, Piracicaba. |
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Conteúdo: |
As crescentes preocupações com questões ambientais têm despertado interesse global pelo uso de combustíveis alternativos, e o uso da biomassa vegetal surge como uma alternativa viável para a geração de biocombustíveis. Diferentes materiais orgânicos têm sido utilizados, e dentre eles destaca-se o sorgo biomassa (Sorghum bicolor L. Moench). A seleção genômica apresenta grande potencial e pode, em médio prazo, reestruturar os programas de melhoramento de plantas, promovendo maiores ganhos genéticos quando comparada a outros métodos, além de reduzir significativamente o tempo necessário para o desenvolvimento de novas cultivares, através da seleção precoce. Este trabalho teve como objetivo avaliar modelos de seleção genômica e aplicá-los para a predição dos valores genéticos de indivíduos do painel de sorgo biomassa da Embrapa/Milho e Sorgo. Tal painel inclui materiais do banco de germoplasma e materiais utilizados em programas de melhoramento de sorgo dessa instituição, bem como coleções núcleo do CIRAD e ICRISAT, sendo, portanto, subdividido em dois sub-painéis. As 100 linhagens do sub-painel 1 foram avaliadas fenotipicamente por dois anos (2011 e 2012) e as 100 linhagens do sub-painel 2 por um ano (2011), ambas no município de Sete Lagoas-MG, para as seguintes características fenotípicas: tempo até o florescimento, altura de plantas, produção de massa verde e massa seca, proporções de fibra ácida e neutra, celulose, hemicelulose e lignina. Posteriormente, as 200 linhagens integrantes do painel foram genotipadas através da técnica de genotipagem por sequenciamento. A partir desses dados genotípicos e fenotípicos, os modelos de seleção genômica Bayes A, Bayes B, Bayes C?, Bayes Lasso, Bayes Ridge Regression e Random Regression BLUP (RRBLUP) foram ajustados e comparados. As capacidades preditivas obtidas foram elevadas e pouco variaram entre os diversos modelos, variando de 0,61 para o caráter florescimento a 0,85 para a proporção de fibra ácida, quando o modelo RRBLUP foi empregado na análise conjunta dos dois sub-painéis. Por outro lado, a predição cruzada entre sub-painéis resultou em capacidades preditivas substancialmente menores, nunca superiores a 0,66 e em alguns cenários virtualmente iguais a zero, além de apresentar maiores variações entre os modelos ajustados. Simulações do uso de subconjuntos dos marcadores moleculares são apresentadas e indicam possibilidades de obtenção de capacidades preditivas mais elevadas. Análises de enriquecimento funcional realizadas a partir dos efeitos preditos dos marcadores sugeriram associações interessantes, as quais devem ser investigadas com maiores detalhes em estudos futuros, com potencial de elucidação da arquitetura genética dos caracteres quantitativos. MenosAs crescentes preocupações com questões ambientais têm despertado interesse global pelo uso de combustíveis alternativos, e o uso da biomassa vegetal surge como uma alternativa viável para a geração de biocombustíveis. Diferentes materiais orgânicos têm sido utilizados, e dentre eles destaca-se o sorgo biomassa (Sorghum bicolor L. Moench). A seleção genômica apresenta grande potencial e pode, em médio prazo, reestruturar os programas de melhoramento de plantas, promovendo maiores ganhos genéticos quando comparada a outros métodos, além de reduzir significativamente o tempo necessário para o desenvolvimento de novas cultivares, através da seleção precoce. Este trabalho teve como objetivo avaliar modelos de seleção genômica e aplicá-los para a predição dos valores genéticos de indivíduos do painel de sorgo biomassa da Embrapa/Milho e Sorgo. Tal painel inclui materiais do banco de germoplasma e materiais utilizados em programas de melhoramento de sorgo dessa instituição, bem como coleções núcleo do CIRAD e ICRISAT, sendo, portanto, subdividido em dois sub-painéis. As 100 linhagens do sub-painel 1 foram avaliadas fenotipicamente por dois anos (2011 e 2012) e as 100 linhagens do sub-painel 2 por um ano (2011), ambas no município de Sete Lagoas-MG, para as seguintes características fenotípicas: tempo até o florescimento, altura de plantas, produção de massa verde e massa seca, proporções de fibra ácida e neutra, celulose, hemicelulose e lignina. Posteriormente, as 200 linhagens in... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Acurácia; Enriquecimento funcional; Genotipagem por sequenciamento; Modelos preditivos. |
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Thesagro: |
Bioenergia. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/02/2014 |
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Data da última atualização: |
21/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
SILVA, G. T.; SILVA, C. B. C.; JANK, L.; SOUZA, A. P. |
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Afiliação: |
GUILHERME TOLEDO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil.; CLAUDIO BENICIO CARDOSO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; LIANA JANK, CNPGC; ANETE PEREIRA SOUZA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; Department of Plant Biology, Biology Institute, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, BraziL. |
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Título: |
De novo transcriptome assembly for the tropical grass Panicum maximum Jacq. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
PLOS ONE, v. 8, n. 7, p. 1-10, july 2013 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Guinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcriptome of P. maximum using highthroughput sequencing. The biological information provided here will aid in gene expression studies and marker-assisted selection-based breeding research in tropical grasses. MenosGuinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcrip... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alimento animal; Carne; Graminea tropical; Panicum maximum. |
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Thesaurus NAL: |
Beef cattle; Megathyrsus maximus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/98451/1/deb-pone.0070781-1..10-fetchObject.action.pdf
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Marc: |
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520 $aGuinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcriptome of P. maximum using highthroughput sequencing. The biological information provided here will aid in gene expression studies and marker-assisted selection-based breeding research in tropical grasses.
650 $aBeef cattle
650 $aMegathyrsus maximus
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650 $aPanicum maximum
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700 1 $aJANK, L.
700 1 $aSOUZA, A. P.
773 $tPLOS ONE$gv. 8, n. 7, p. 1-10, july 2013
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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